La plupart des espèces exotiques envahissantes conduisent à un appauvrissement des communautés végétales et animales indigènes essentiellement par compétition ou prédation. Des plantes exotiques envahissantes comme le lantana ou différentes espèces d'acacia forment des couverts denses qui étouffent la végétation naturelle.

Les populations sauvages ou en semi-liberté de cochons, de bétail, de chèvres, de moutons et de cervidés observées aux Saintes en Guadeloupe, dans des îles de Polynésie française, en Nouvelle-Calédonie, dans les TAAF ou à Saint-Pierre et Miquelon, causent à des degrés divers des destructions du couvert végétal et des régressions d’espèces indigènes sous l’action de leur pâturage et de leur piétinement.




Concernant les prédateurs introduits, il n’y a guère de doute à avoir sur les dégâts que peuvent causer les populations sauvages ou en semi-liberté de chats, de chiens ou de mangoustes sur les oiseaux ou les reptiles indigènes.

Parmi les oiseaux, le martin triste ou le bulbul à ventre rouge affectent les espèces indigènes par compétition pour la nourriture ou les sites de reproduction. Le busard de Gould et le grand-duc de Virginie en Polynésie française agissent directement par prédation sur les oeufs, les oisillons ou les adulte des espèces indigènes.

Le Martin triste est l'un des oiseaux exotiques les plus communs des collectivités d'outre-mer de l'océan Indien et du Pacifique. En polynésie française, il a contribué à l'exclusion de plusieurs espèces d'oiseaux endémiques notamment dans les îles Marquises.

L’impact majeur des espèces exotiques envahissantes relève le plus souvent de l’altération des processus écologiques en place. Des plantes exotiques envahissantes peuvent être à l’origine d’un changement significatif de la composition, de la structure et du fonctionnement des écosystèmes en modifiant la luminosité, le taux d’oxygène dans l’eau, la chimie des sols, le cycle des éléments nutritifs, le régime des feux, les interactions plantes animaux etc. Une seule espèce peut altérer le fonctionnement d’un écosystème

En milieu d'eau douce, des plantes aquatiques comme la jacinthe d'eau et la laitue d'eau, envahissantes à La Réunion, peuvent entrainer une eutrophisation du milieu et un bouleversement global des écosystèmes aquatiques. Sur Tahiti, le miconia forme des couverts denses monospécifiques où la lumière arrivant au sol est très réduite empêchant toute régénération de plantes indigènes et endémiques en sous bois. Près de 80 000 ha ont été envahis à Tahiti et entre 40 à 70 espèces de plantes endémiques sont directement menacées de disparition.

Les rat sont impliqués dans la régression de plusieurs espèces d’oiseaux endémiques comme par exemple les monarques de Tahiti et des Marquises, la perruche d’Ouvéa en Nouvelle-Calédonie, l’échenilleur de La Réunion, ou plusieurs espèces de pétrels dans les TAAF. Ils contribuent également à modifier la composition spécifique et la dynamique des communautés végétales en consommant des graines de plantes endémiques rares, comme le santal en Polynésie française ou l’Ochrosia inventorum en Nouvelle-Calédonie et en favorisant la dispersion de certaines plantes exotiques envahissantes.